Geçtiğimiz yıl, Alphabet’in DeepMind’ı, insan vücudundaki bilinen 20.000 proteinin tümü de dahil olmak üzere yüz binlerce proteinin 3D yapılarının açık kaynaklı bir veri tabanını yayınlamıştı. Şimdi ise AlphaFold Protein Yapısı Veri Tabanı büyük bir güncelleme yayınladı ve 200 milyondan fazla proteine kadar genişletildi. Uzmanlara göre halka açık olan bu veri tabanı, neredeyse sonsuz çeşitlilikteki araştırmalara büyük bir destek sağlayabilecek.
Sayısız biyolojik işlemi gerçekleştiren canlı hücrelerin yapı taşları olan proteinlerin haritasını çıkarmak, onların nasıl çalıştıklarını ve işlerin hangi durumlarda ters gidebileceğini anlamak açısından oldukça önemlidir. Çünkü bunu anlayabilmek aynı zamanda yeni ilaçlar ve tedavilerden mahsullerin iyileştirilmesine ve hayvanların korunmasına kadar her şeyi araştırmanın da anahtarıdır. Bununla beraber amino asitlere dayalı olarak bir proteinin tüm yapısını hesaplayabilmek oldukça zorludur. Zira bunu çözmek çok büyük miktarda bilgi işlem gücü ve çalışma saati gerektirir. Bu nedenle proteinleri anlama yolundaki çalışmalar on yıllar boyunca oldukça yavaştı. Ta ki Alphabet’in DeepMind’ı bu soruna odaklanana kadar… 
Protein yapısı veri tabanı
Başlangıçta bilinen 100 bin protein yapısı üzerinde eğitilen sistem, her birinin tespit edilmesi aylar hatta yıllar süren protein yapılarını tahmin etme yeteneğini sadece dakikalar veya saniyelerle ifade edilecek sürelere indirdi. Bu başarılı sonuçların ardından geçtiğimiz yılın temmuz ayında ilk “AlphaFold Protein Yapısı Veri Tabanı” halka sunuldu. Başlangıçta veri tabanında insan proteinlerinin yaklaşık yüzde 98,5’inin yanı sıra meyve sinekleri, fareler, maya ve koli basilindekiler dahil olmak üzere 350 binden fazla protein yapısı bulunuyordu. Daha sonra bu veri tabanı 10 bin hayvan, bitki, bakteri, mantar ve diğer organizma türünden yaklaşık bir milyon protein yapısına genişletildi. O zamandan beri, 190 ülkeden 500 binden fazla bilim insanı araştırmalarına yardımcı olmak için veri tabanına erişti ve 2 milyondan fazla yapıyı görüntüledi.
Biyolojik gizemler çözülecek
Şimdilerde ise DeepMind, bir milyon türden yaklaşık 214 milyon yapıyı içeren veri tabanına ilişkin büyük bir güncelleme yayınladı. Söz konusu güncelleme şu anda bilimde bilinen hemen hemen her proteini kapsıyor ve hastalık tedavileri, aşılar, antibiyotik direnci ve hatta plastik kirliliği hakkında araştırma yapan bilim insanlarına büyük bir fayda sağlıyor.
DeepMind yetkilileri yaptıkları açıklamada AlphaFold’un bir proteinin şeklini dakikalar içinde atomik doğruluğa kadar kusursuz bir şekilde tahmin edebileceğini gösterdiğini ve bunun yalnızca 50 yıllık büyük bir zorluğa çözüm sağlamakla kalmayıp; aynı zamanda yapay zekanın bilimsel keşfi önemli ölçüde hızlandırabileceğini ve bunun sonucunda insanlığı ilerletebileceği yönündeki tezlerini de kanıtlamış olduğunu söylüyor. Scripps Araştırma Çeviri Enstitüsü Müdürü Eric Topol ise AlphaFold’un doğa bilimlerinde yapay zekanın gücünü gösteren benzersiz ve çok önemli bir ilerleme olduğunu kaydederek “Eskiden aylar veya yıllar sürebilen bir proteinin 3 boyutlu yapısını belirlemek artık saniyeler alıyor. AlphaFold şimdiden büyük keşiflere olanak sağladı ve neredeyse tüm protein evrenini aydınlatan bu yeni yapıların eklenmesiyle, her gün daha fazla biyolojik gizemin çözülmesini bekleyebiliriz” dedi.
https://www.deepmind.com/blog/alphafold-reveals-the-structure-of-the-protein-universe
